Jar kirke ble innviet 26. mars 1961 og hadde da et orgel med 18 stemmer bygget av H.J. Jørgensens orgelfabrikk. I 1983 ble dette erstattet med et nytt og større orgel med 3000 piper og 36 stemmer, bygget av A. Magnussons Orgelbyggeri i Sverige. Orgelet sin arkitektoniske fasade ble utformet spesielt for å passe kirkerommet på kirkens østlige vegg oppe på galleriet.
I år 2020 ble det gjort en omfattende rengjøring og oppgradering av orgelet. Alle piper ble tatt ned, renset for støv inn- og utvendig og polert. I tillegg ble det lagt inn et digital lagringssystem som ga muligheten til å lagre mange tusen kombinasjoner av registreringer på forhånd. Med dette ble orglet mye lettere å bruke på konserter og ved fremføring av større verk. Slik ble organisten mindre avhengig av å ha en registrant. Det ble også gjort noen praktiske omplasseringer av pedaler og registerknapper. Jobben ble utført av orgelbygger Marius Lyngø.